Aus der Sicht der Tier- und Umweltschutzes ist der Orientierungslauf eine sehr kritisch zu betrachtende Sportart. So werden die Wettkämpe und auch das Training üblicherweise im Wald durchgeführt, was zu Konflikten mit der Tier- und Pflanzenwelt führen kann. Da die Sportler und Sportlerinnen oft primär die sportliche Leistung im Kopf haben nehmen sie oft wenig Rücksicht auf die Umwelt.
Besonders störend ist der Orientierungslauf für Wildtiere, die sich in der Nähe von Orientierungsläufen aufhalten. Sie werden sehr leicht durch di
e Sportler aufgeschreckt, was besonders in der Winterzeit oder der so genannten Setzzeit, in welcher die Jungtiere zur Welt kommen, zu einem sehr großen und ungünstigen Energieverbrauch durch die Tiere führt. In gewissen Fällen, bei Raubtieren, kann das Aufschrecken von Wildtieren aber nicht nur für das Tier sondern auch für den Menschen gefährlich werden. So ist es schon zu Fällen gekommen, in denen ein aufgeschreckter Bär einen Sportler verfolgt und angegriffen hat.
Auch ist es schon zu Konflikten zwischen Jägern und Orientierungsläufern gekommen. Während sich die Ersteren für den Unterhalt des Wildbestands einsetzen nehmen die Orientierungsläufer oft wenig Rücksicht und können somit diesem Vorhaben entgegenwirken, was wiederum sowohl ökologische als auch finanzielle Folgen haben kann.
Auch auf die Entwicklung von Wildpflanzen und Bäumen kann der Orientierungslauf eine schädliche Auswirkung haben. Besonders im Frühling sind diese sehr verwundbar und neue Triebe können bei einem Orientierungslauf sehr leicht beschädigt werden. Dies kann zu einem beeinträchtigten Wachstum oder gar zu einem Absterben der Pflanze oder des Baumes führen.
Das sich in der Zwischenzeit die meisten Veranstalter bewusst sind, dass ein Orientierungslauf eine große Belastung für die Umwelt darstellt, hat man sich darauf geeinigt, die Austragungsorte von Orientierungsläufen zu rotieren, so dass die langfristigen Schäden minimiert werden können.